Bei der Umstellung von normalem Dieselkraftstoff auf Biodiesel sind einige Hinweise zu beachten. Es sollte die jeweilige Fachwerkstätte des Fahrzeugherstellers kontaktiert und Informationen über etwaige Umrüstmaßnahmen eingeholt werden. Die Betriebshinweise (z.B. Öl- und Filterwechsel) sind auf alle Fälle zu beachten.

Problemlose Vermischung: Biodiesel und mineralischer Dieselkraftstoff können problemlos gemischt werden. Eine Umstellung von Dieselkraftstoff auf Biodiesel und umgekehrt ist daher jederzeit möglich.

Der Kraftstofffilter: Wird von mineralischem Diesel auf Biodiesel umgestellt, so können alte Ablagerungen des Dieselkraftstoffes gelöst werden, die sich im Tank oder in Leitungen gebildet haben. Der Kraftstofffilter kann sich verlegen und sollte daher nach einigen Tankfüllungen gewechselt werden.

Gummiteile und Dichtungsmaterialien: Manche Gummi- oder Kunststoffmaterialien sind nicht oder nicht ausreichend beständig gegenüber Biodiesel. Nach längerem Kontakt mit Kraftstoff beginnen diese dann aufzuquellen. Es wird daher empfohlen, das Kraftstoffsystem regelmäßig zu kontrollieren und nicht beständige Materialien ggf. zu tauschen. Als beständige Materialien gelten Fluorkautschuk (FPM) oder nitrilhaltige Elastomere.

Lack: Manche Lackarten (z.B. Kunstharzlacke) sind bei Einwirkung von Biodiesel nicht beständig. Gelangt z.B. beim Betanken Biodiesel auf solche Lackschicht, so kommt es nach einiger Zeit zu einer Aufweichung oder Ablösung. Betroffene Lackstellen sollten daher sofort abgewischt werden. Viele Hersteller verwenden bereits hochwertige und beständige 2-Komponenten-Lacke.

Motoröl: In Einzelfällen kann es zu einer Verdünnung des Motoröls mit unverbranntem Kraftstoff kommen. Und zwar insbesondere dann, wenn das Fahrzeug über einen längeren Zeitraum bei schwacher Belastung betrieben wird. In diesem Fall sollte ein Motorölwechsel vorgezogen werden. Bei manchen Motortypen tritt die Ölverdünnung stärker, bei den meisten aber wenig oder gar nicht in Erscheinung. Ein Anstieg des Motorölspiegels ist ein deutliches Zeichen für eine erhöhte Motorölverdünnung. Der Ölspiegel sollte daher regelmäßig kontrolliert werden. Auf alle Fälle ist eine geeignete Ölqualität (vom Hersteller vorgeschrieben) zu verwenden.

Wintertauglichkeit: Reiner Biodiesel ohne Zusätze besitzt einen Stockpunkt von -10 bis -12 °C. Unter der Voraussetzung eines guten Zustandes von Fahrzeug und Batterie sollte es bis zu dieser Temperatur keine Startschwierigkeiten geben. Bei tieferen Temperaturen beginnen sich - wie auch beim normalen Dieselkraftstoff - feste Bestandteile abzusetzen, die dann den Kraftstofffilter verlegen können. Für tiefere Temperaturen wird wintertauglicher Biodiesel angeboten, so dass im Normalfall Biodiesel das ganze Jahr über eingesetzt werden kann.

Die Lagerung: Bei der Lagerung von Biodiesel ist mit der gleichen Sorgfalt vorzugehen, wie bei der Lagerung von mineralischem Dieselkraftstoff. Es sollten keine innen lackierten Lagertanks verwendet werden, da der Lack aufgelöst werden könnte. Da Biodiesel eine hygroskopische (=wasseranziehende) Flüssigkeit ist, ist besonders darauf zu achten, Wasserzutritt zum Kraftstoff zu verhindern. Der Lagertank ist vor einer direkten Sonnenbestrahlung zu schützen. Der Flammpunkt von Biodiesel mit über 100 °C vereinfacht Transport und Lagerung.